什么是上游引物和下游引物？
引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。
自然中存在有生物的DNA复制引物（RNA引物）和聚合酶链式反应（PCR）中人工合成的引物（通常为DNA引物）。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。
上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5’位有个磷酸，3’位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5’端的，下游引物是靠近3‘端的。
DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。
上游引物为什么和原序列一样?
上游引物和原序列一样的目的在于扩增出特定的DNA片段。
反向引物怎样看与正向引物互补？
正向引物（上游引物）是沿着负链进行不间断延长的
正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5‘——3’，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物；
负链即无义链，也称非编码连，和正链互补，与该链结合的引物为正向引物。
什么是上下游引物？
引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。
自然中存在有生物的DNA复制引物（RNA引物）和聚合酶链式反应（PCR）中人工合成的引物（通常为DNA引物）。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。
上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5’位有个磷酸，3’位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5’端的，下游引物是靠近3‘端的。
DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。
正义链（sensestrand）是上游引物，反义链（antisensestrand）是下游引物，链的合成方向是从5‘~3’。上游引物又叫正向引物,下游引物叫反向引物，在设计引物的时候一般是以其中的一条链来设的,所以上游引物是与这条链相同的，而反向引物则要反向互补后才行。
上下游引物长度可以不同，主要是两条引物的Tm值要接近不然会降低扩增效率PCR扩增并不要求上下游引物一定要相同长度。但是，如果上下游引物长度相差太远，并不利于扩增反应的进行。这一点可以从primer5.0中的引物评分可以看出来。因此，除非迫不得已，建议将两条引物长度设计的相近，这样引物评分要高一些。也有利于扩增反应的进行。
